กล้องจุลทรรศน์รังสีเอกซ์ใช้คลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า
ในช่วงของรังสีเอกซ์พลังงานต่ำ ในการทำให้มองเห็นภาพวัตถุที่มีขนาดเล็กมาก
ซึ่งแตกต่างจากกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสง เนื่องจากรังสีเอกซ์มีการสะท้อนและการเลี้ยวเบนได้น้อยกว่า
รวมทั้งตาของเราก็ไม่สามารถมองเห็นด้วย ดังนั้นหลักการของกล้องจุลทรรศน์รังสีเอกซ์
จึงเป็นการฉายรังสี ที่เกิดจากการส่องผ่าน หรือสะท้อนจากตัวอย่าง
ลงบนฟิล์ม หรือใช้ charge-coupled device (CCD) ในการจับภาพ
กล้องจุลทรรศน์รังสีเอกซ์ยุคแรก ซึ่ง Kirkpatrick และ Baez
ใช้ grazing-incidence reflective optics ในการโฟกัสรังสีเอกซ์
ซึ่งสะท้อนรังสีเอกซ์ โดยใช้กระจกโค้งรูปพาราโบลา ทำให้มีมุมตกกระทบที่กว้างมาก
การโฟกัสรังสีเอกซ์อีกวิธีหนึ่ง ใช้ fresnel zone plate ขนาดเล็ก
ที่มีวงแหวนทำด้วยทอง หรือนิเกิล อยู่บนแผ่นซิลิกอนไดออกไซด์
Sir Lawrence Bragg ได้ใช้อุปกรณ์นี้ ในการถ่ายภาพด้วยรังสีเอกซ์
ตอนปลายปี 1940
ในปี 1950 ได้ถ่ายภาพของเงาที่เกิดจากการใช้กล้องจุลทรรศน์รังสีเอกซ์
โดยวางตัวอย่างไว้ ระหว่างต้นกำเนดรังสี กับแผ่นรับภาพ (target
plate) ทำให้มีการนำไปใช้ เป็นหลักการของกล้องจุลทรรศน์รังสีเอกซ์
โดยผลิตเป็นการค้าโดยบริษัท General Electric Company |